Republica Moldova este împărţită în 32 de raioane, 3 municipalităţi (Chişinău, Bălţi şi Comrat) şi două regiuni cu statut special – Găgăuzia şi Transnistria (cu statut în dispută). La sfârşitul anului 2006 prin legea privind dezvoltarea regională în Republica Moldova au fost înfiinţate 5 regiuni de dezvoltare fără personalitate juridică care vor avea scopul de a asigura o dezvoltare durabilă şi de a stimula atragerea de fonduri și investiţii.
Transnistria este de iure (de drept) o parte a Moldovei deşi, în realitate, regiunea nu este controlată de guvernul acesteia. Pe teritoriul Moldovei situat de la est de râul Nistru (cu o populaţie formată din moldoveni (32%), ucraineni (29%) şi ruşi (30%), aşa numita Republica Moldovenească Nistreană şi-a autoproclamat independenţa în 1990, care nu i-a fost recunoscută de niciun stat. Oraşul Tiraspol este capitala de fapt a Transnistriei, care cuprinde 5 raioane (Camenca, Rîbniţa, o parte din Dubăsari, Grigoriopol, Slobozia) şi două municipalităţi (Tiraspol şi Tighina).